Fiecare zonă districtuală este condusă de un apostol districtual, susținut de unul sau mai mulți apostoli și slujitorii preoțești. Biserica globală stă sub conducerea apostolului patriarh, ca autoritate spirituală supremă.
Calitatea de membru al Bisericii Nouapostolice vine în urma primirii sacramentului Botezului cu Sfântul Duh (Sfânta Pecetluire), acesta fiind condiționat de primirea Botezului cu apă în numele Sfintei Treimi.
Fiecare zonă de apostol districtual este alcătuită din mai multe Biserici regionale, care din nou se împart în districte. O Biserică regională este administrată de un președinte, iar un district, de un conducător districtual.
Obligațiile organizatorice, administrative și juridice ale Bisericilor regionale sunt reglementate de legile și prevederile fiecărui stat.
Centrul vieții bisericești sunt comunitățile. Pentru administrarea lor, apostolii însărcinează conducători de comunitate care au o însărcinare preoțească.
Ca autoritate spirituală supremă, apostolul patriarh conduce Biserica Nouapostolică, împreună cu apostolii. Biserica se împarte în mai multe zone de apostol districtual, administrate de câte un apostol districtual. Aceste zone cuprind una sau mai multe Biserici regionale.
De la Rusaliile din 2013, Jean-Luc Schneider este numit în însărcinarea spirituală de apostol patriarh. El este al nouălea apostol patriarh de la înființarea Bisericii. La nevoie, apostolul patriarh poate însărcina un ajutor de apostol patriarh, care să îl susțină în atribuțiile lui.
Apostolii districtuali, împreună cu apostolii care le vin în ajutor, sunt următorii colaboratori ai apostolului patriarh.
La îndeplinirea atribuțiilor regionale, apostolii sunt ajutați de episcopi și conducători districtuali. Centrul vieții bisericești îl reprezintă comunitățile. Apostolii însărcinează slujitori preoțești în calitate de conducători de comunitate. Aceștia sunt, la rândul lor, sprijiniți de preoți și diaconi.
Cele aproximativ 9 milioane de creștini nouapostolici, care trăiesc pe cinci continente și în cca. 60000 de comunități bisericești, fac parte din toate păturile sociale, din toate popoarele și generațiile.
Biserica regională este o unitate de organizare autonomă care, de regulă, corespunde cu teritoriul unei țări. Ea este condusă de un președinte și un comitet de conducere și cuprinde mai multe districte.
Într-un district există mai multe comunități. Districtul este condus de un conducător districtual, susținut de o conducere districtuală.
În centrul vieții bisericești stă comunitatea. Membrii ei preiau diferite sarcini în cadrul vieții de comunitate: implicarea în Serviciile Divine prin cântec, muzică, activitatea profesorilor la orele de religie, decorarea altarului, menținerea și îngrijirea interiorului și exteriorului Bisericii. Comuniunea noastră presupune și timp acordat membrilor bolnavi sau în vârstă, dar și organizarea de sărbători și excursii de comunitate.
Un preot primește însărcinarea de conducător de comunitate și se ocupă cu administrarea acesteia.
Spre deosebire de însărcinarea spirituală, există în Biserica Nouapostolică diversele sarcini de propovăduire a Evangheliei în beneficiul credincioșilor, care nu presupun o numire în însărcinarea spirituală. Pentru îndeplinirea acestor sarcini organizatorice sau de îngrijire sufletească în comunități și districte, pot fi însărcinați atât frați, cât și surori de credință. Sarcinile se fac voluntar.